在主合同与补充协议约定不一致的情况下，法院会首先解释合同条款，依据《中华人民共和国民法典》的规定，结合条款内容和行为性质来确定双方的真实意思。如果双方无法协商一致，法院将综合考虑案件情况和证据材料来做出判定。在合同内容无冲突但约定不同的情形下，不能简单地认定后签订的合同是前合同的变更或补充。最重要的是确认实际履行的合同为准，以避免合同履行混乱和法律纠纷的产生。
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对主合同与补充协议条款不一致的情况，可以采取协商补充、按合同相关条款确定、参照交易习惯等方法来处理。在选择处理方式时，应该结合合同条款的具体性质、交易习惯的适用性以及双方协商的可能性，以达成公平合理的解决方案。
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当发现主合同与补充协议中的条款存在不一致时，首先应该通过协商进行补充，明确双方的权利和义务。如果协商无果，可以按照合同相关条款或根据交易习惯来确定。在遵循《民法典》规定的前提下，如果仍无法解决，如涉及质量要求、价款等不明确的情况，可以寻找具体的法律规定来依法处理。
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