对方在事故3天后提出疼痛，确实可能引发对事故责任认定的进一步审查。根据《道路交通安全法》第七十三条，公安机关交通管理部门应当根据交通事故现场勘验、检查、调查情况和有关的检验、鉴定结论，及时制作交通事故认定书，作为处理交通事故的证据。因此，若对方此时提出疼痛并有相关医疗证明，交警可能会重新评估事故情况。但责任认定主要依据事故发生时的具体情况，延迟的疼痛报告不一定会改变原有认定，除非能证明与事故直接相关。法律依据为《道路交通安全法》第七十三条。
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从法律角度，保障自己权益的关键在于：1. 保留所有与事故相关的证据，如现场照片、视频、交警事故认定书等；2. 不轻易承认责任，除非有确凿证据；3. 积极与对方沟通，但避免私下达成赔偿协议，最好通过交警或律师进行；4. 若对方提起诉讼，及时聘请律师应诉，确保自身权益得到充分保护。
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若对方提出疼痛并要求赔偿，首先应要求对方提供正规医院的诊断证明及与事故相关的医疗报告。其次，根据《民法典》相关规定，双方可协商赔偿事宜，包括医疗费、误工费等。若协商不成，可请交警调解或走法律途径解决。具体操作：1. 收集对方医疗证明；2. 协商赔偿；3. 调解或诉讼。