农业设施用地转基本农田需依法申请变更。分析说明：根据相关法律法规，农业设施用地转变为基本农田，需向当地县级自然资源主管部门提出申请，并提交变更申请报告、土地权属证明等材料。主管部门将组织实地勘察、专家论证，并编制变更方案进行公示公告。若无异议，则上报上级自然资源主管部门审批，批准后方可实施变更。整个过程需严格遵循法定程序，确保合法合规。提醒：若未经批准擅自变更土地性质，将面临法律制裁。若出现土地性质被非法变更且未得到及时纠正的现象，应及时寻求法律帮助。
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处理方式：从法律角度来看，将农业设施用地转变为基本农田的常见处理方式主要是依法申请变更。申请人需要准备充分的材料，并按照规定的程序向相关部门提出申请。选择不同处理方式时，应优先考虑依法申请变更这一途径。因为其他方式如私自变更土地性质是违法的，不仅无法保障自身权益，还可能面临法律制裁。
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具体操作如下：1.准备材料：包括变更申请报告、土地权属证明、农业设施建设方案、土地利用现状图等。这些材料需真实、准确，以证明申请变更的合法性和合理性。2.提交申请：将准备好的材料提交给当地县级自然资源主管部门。3.实地勘察与专家论证：主管部门将组织相关人员对申请用地进行实地勘察，核实申请用地的位置、面积、地类等情况。同时，还会组织专家对农业设施建设方案进行论证，评估变更的必要性和可行性。4.编制与公示变更方案：根据实地勘察和专家论证结果，主管部门将编制农业设施用地变更基本农田方案，并进行公示公告，征求公众意见。5.审批与实施：若无异议，主管部门将上报上级自然资源主管部门审批。批准后，将组织实施变更方案，包括调整土地权属、补划基本农田等。6.验收与备案：农业设施建设完成后，主管部门将组织相关人员进行验收，并将验收结果备案，以确保变更后的土地符合基本农田的标准和要求。