针对股权转让协议无效的情况，首要步骤是查明无效的原因，比如是否违反了法律的强制性规定或者违背了公序良俗。依据《中华人民共和国民法典》的相关规定，无效的股权转让协议从签署之初就没有法律约束力，必须通过法律途径加以解决，否则可能会面临法律责任。
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对股权转让协议无效的问题，可以采取多种解决方式。其中包括协商、调解、仲裁以及诉讼等途径。在选择解决方式时，应该综合考虑效率、成本以及保密性等因素。协商和调解相对更加灵活，而仲裁和诉讼则具有法律强制力，可确保权益得到合法保护。
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针对股权转让协议被判定无效的情况，应按照法律规定进行处理。如果协议无效是因为违反了相关法律，可以向法院提起诉讼，请求确认协议无效；如果是因为意思表示不真实而导致的无效，可以申请撤销该协议。在处理过程中，需要充分收集证据，如有必要，可以寻求律师的专业协助。